David Pierpoint főesperes szerint a csonkítást egy idegenvezető fedezte fel hétfő délután, amikor egy csapatnyi látogatót akart beengedni a templomba - olvasható a BBC hírportálján.
Az eset miatt egy ideig nem fogad látogatókat a templom.
Az ír katolikus egyház közleménye szerint a kripta súlyos károkat szenvedett és több múmiát, köztük egy 400 éve élt apáca maradványait is meggyalázták.
A keresztes lovag testét felfordították és a fejét elvitték.
Pierpoint szerint a vandálok egy tömör acélból készült belső kaput is elvittek, ám a legfontosabb feladat most a kripta megóvása, ugyanis a szabad levegő lebomlással fenyegeti a maradványokat.
Az ír rendőrség jelenleg a templom biztonsági kameráinak felvételeit vizsgálja.
A St Michan templom már 1996-ban is vandalizmus áldozata lett, amikor egy csapatnyi tinédzser betört a kriptába és számos múmiát kirángatott a koporsójából. "A földre cibálták őket és a jelek szerint fociztak a fejükkel" - idézte fel Pierpoint, hozzátéve, hogy az őröknek akkor szerencsére sikerült elkapniuk az elkövetőket.
Az 1996-os betörést követően a kriptát lezárták egy hétre, hogy helyreállítsák a károkat.
A St Michan-templomot tavaly nagyjából 27 ezren keresték fel.